Генетический анализ коронавируса SARS-CoV-2 показал, что он появился еще в 1960-х годах. Предок нового коронавируса отделился от своего ближайшего родственника, затем в течение десятилетий циркулировал среди летучих мышей и, наконец, в 2019 году перекинулся на людей. Результаты исследования опубликованы в журнале Nature Microbiology.
Международная команда микробиологов во главе с Мацеем Бони из Пенсильванского государственного университета (США) проанализировала «эволюционное происхождение SARS-CoV-2». Ученые сравнили геномные данные SARS-CoV-2, RaTG13 и других коронавирусов из подгруппы вирусов Sarbeco (сарбековирусов), вызывающих тяжелый острый респираторный синдром.
Исследователи проанализировали степень рекомбинации в геноме этих вирусов — изменения, которые указывают на взаимный обмен генетическим материалом.
Анализы показали: SARS-CoV-2 и вся эта коронирусная подгруппа демонстрируют четкие признаки обмена генетическим материалом не только друг с другом, но и, вероятно, с пока неизвестными коронавирусами.
Результатом реконструкции эволюционной истории SARS-CoV-2 стало открытие: новый коронавирус и вирус летучей мыши RaTG13 наиболее близки — у обоих есть общий предок. По словам Бони, этот предок и два современных типа вирусов, вероятно, развивались в подковообразных летучих мышах — резервуаре, который содержит большое количество родственных коронавирусов.
Биологи выявили также сходство SARS-CoV-2 с вирусами панголинов (ящеры, отряд млекопитающих). В связи с этим предполагалось, что панголины могут быть промежуточными хозяевами. «Однако нет никаких доказательств того, что вирусам летучей мыши нужны эти животные, чтобы перебраться к людям», — говорят исследователи.
Но когда же появился SARS-CoV-2? Полученные авторами данные указывают на то, что «разделение SARS-CoV-2 и RaTG13 произошло в 1969 году». Другие методики говорят о том, что вероятность этого события пришлась на 1948 или 1982 год. Но, по данным биологов, возбудитель эпидемии атипичной пневмонии (SARS) 2002-2003 годов появился в 1960-х годах.
Таким образом, эти коронавирусы циркулировали среди летучих мышей десятилетиями, прежде чем стали инфекционными агентами пандемии. Более того, предполагают биологи, они не единственная угроза для человека. «То, что после расхождения SARS-CoV-2 с известными вирусами прошло от 40 до 70 лет, указывает на возможность существования у подковообразных летучих мышей неизвестных линий вирусов, которые имеют зоонотический потенциал, т.е. способны инфицировать человека», — сказал Бони.
В случае с SARS и SARS-CoV-2 это произошло тогда, когда сложились благоприятные условия для зоонозных вирусов, и этому способствовал тесный контакт с людьми. А вот когда и где это произошло, пока неясно.
Исследование выявило интересный факт: структуры, с помощью которых SARS-CoV-2 присоединяется к человеческому рецептору ACE2, не являются «изобретением» этого вируса. Большие шиповидные отростки на удивление мало изменены — авторы не обнаружили признаков рекомбинации между линией, ведущей к SARS-CoV-2 и другим известным сарбековирусам, найденным у летучих мышей. Следовательно, эти патогены изначально имеют «приспособления» для проникновения в клетки человека.
Авторы исследования отмечают, что «существующее разнообразие вирусов летучих мышей и активность процесса рекомбинации затрудняют выявление вирусов с пандемическим потенциалом до их появления». Поэтому, убеждены они, необходим интенсивный мониторинг происходящего: это позволит быстро выявлять опасные патогены.
